Tom és Jerry épp a tengerparton űzik szokásos macska-egér kergetőzésüket, amikor belebotlanak a híres Jonny Questbe. A 11 éves kisfiú apja egy tudós, ami miatt sok zűrös szituációt kell átélnie. Szerencsére ezúttal Tom húzza ki a csávából, amikor véletlenül megmenti őt a gonosz Dr. Zin-től, aki el akarta rabolni őt és barátját, Hadjit.
Túszként akarta használni a kölyköket, hogy így vegye rá Dr. Questet arra, hogy átadja neki a legutóbbi találmányát. A szerkezet képes végtelen energiát termelni, amivel könnyűszerrel elfoglalhatná az egész világot. Tom, Jerry, Jonny és Hadji együtt szálnak harcba az ellenséggel, hogy megmentsék a világot.